Si quieres saber cuál es el modelo de datos de una base de datos y tener un diagrama con las relaciones, SchemaSpy es una buena opción. Consulta la base de datos y extrae gráficos como este:

SchemeSpy es una aplicación Java GPL parecida a Workbench. Hay que tener el JRE (Java runtime instalado en tu maquina).
Instalación en Ubuntu
Descargar la aplicación (el fichero jar) de SchemeSpy.
Instalar graphviz ejecutando:
sudo apt-get install graphviz
Y luego, para cada tipo de base de datos, hace falta un conector. El conector para MySQL se descarga de aqui. El conector se tiene que descomprimir, hasta extraer el mysql-connector-java-5.1.15-bin.jar.
Teniendo todo esto y los datos de la base de datos (host, puerto, db_nombre, db_user, db_pass) ya se puede ejecutar el programa, desde la línea de comandos, con una sentencia como esta, en una sola línea:
java -jar schemaSpy_5.0.0.jar
-dp mysql/mysql-connector-java-5.1.15/mysql-connector-java-5.1.15-bin.jar
-t mysql -host HOST -port 3306 -db DBNAME -u DBUSER -p DBPASS -o ./
Hay que sustituir HOST (sin http://), DBNAME, DBUSER y DBPASS por los datos correctos (y si es preciso el puerto, también). En mi caso, indico la path del conector (eso depende de donde tengas los jar en tu sistema de ficheros).
El parámetro -o es el directorio de la salida del programa. La salida es un conjunto de páginas html con información y gráficos del esquema de datos de la base de datos como estos.